Η Στοχοθεσία του Ιδρύματος αποτελεί νευραλγικό κομμάτι της στρατηγικής του Ιδρύματος και βασίζεται στους στρατηγικούς στόχους, καθένας από τους οποίους αναφέρεται σε στόχους ποιότητας. Οι τελευταίοι συνοδεύονται από δείκτες που υπαγορεύονται από τη φύση των στόχων ποιότητας, τις υποδείξεις της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘΑΑΕ), και εναρμονίζονται, στο πλαίσιο του σεβασμού της φυσιογνωμίας και της αυτονομίας των Ελληνικών Πανεπιστημίων, με τα Πρότυπα και τις Κατευθυντήριες αρχές του Ευρωπαϊκού Χώρου Ανώτατης Εκπαίδευσης. Η παρακολούθηση, η τροποποίηση, η ενίσχυση ή η αντικατάσταση των στόχων ποιότητας και των αντίστοιχων δεικτών συνιστούν βασικούς πυλώνες της βελτίωσης της  αποτελεσματικότητας και της αποδοτικότητας του Εσωτερικού Συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας του Ιδρύματος.

Στο πλαίσιο αυτό εκπονείται  μελέτη που περιλαμβάνει τα ακόλουθα:

• Αναλυτική παρουσίαση των επικρατέστερων προσεγγίσεων/φιλοσοφιών σε θέματα Στοχοθεσίας Πανεπιστημιακών Ιδρυμάτων του Εξωτερικού (Ευρώπη – Αμερική – Ασία). Επικέντρωση και αναλυτική παρουσίαση των Συστημάτων Στοχοθεσίας ιδρυμάτων του εξωτερικού με υψηλές βαθμολογίες στους διεθνείς οίκους αξιολόγησης (βέλτιστες πρακτικές). Καταγραφή και παρουσίαση των επιμέρους επιχειρησιακών και αναπτυξιακών σχεδίων και δράσεων που υποστηρίζουν τα παραπάνω Συστήματα Στοχοθεσίας.
• Ανάλυση του υφιστάμενου συστήματος στοχοθεσίας του Ιδρύματος (κατάλογος επιμέρους στρατηγικών στόχων και επιχειρησιακών σχεδίων ή δράσεων που τους υλοποιούν, στόχοι ποιότητας ανά στρατηγικό στόχο, δείκτες ποιότητας ανά στόχο ποιότητας, κατάλογος δεικτών προτεινόμενων από την ΕΘΑΑΕ, κατάλογος δεικτών Ιδρύματος). Μελέτη των αναφορών όλων των εκθέσεων αξιολόγησης του Ιδρύματος και των Σχολών των τελευταίων δύο περιόδων εξωτερικής αξιολόγησης και γνωμοδότηση για τη συμμόρφωση του υφιστάμενου συστήματος με τις οδηγίες της ΕΘΑΑΕ και τις προτάσεις συμμόρφωσης των αναφορών αξιολόγησης.
• Αναφορά αξιολόγησης του υφιστάμενου συστήματος στοχοθεσίας  που περιλαμβάνει τον εντοπισμό αδυναμιών και δυνατών σημείων του υφιστάμενου Συστήματος Στοχοθεσίας, τον εντοπισμό κρίσιμων διεργασιών με περιθώρια βελτίωσης και τη διατύπωση προτάσεων επικαιροποίησης και αναβάθμισης του Συστήματος Στοχοθεσίας.